Khuyến khích đầu tư phát triển sản xuất phân bón trong nước, chủ động nguồn phân bón phục vụ nông nghiệp, giảm dần phân bón nhập khẩu là một trong những chủ trương quan trọng của Chính phủ nhằm điều tiết cung cầu khi thị trường phân bón có biến động. Để thực hiện chủ trương này, Quốc hội đã ban hành Luật thuế 71/2014/QH13 (Luật 71), có hiệu lực từ năm 2015, quy định các mặt hàng phân bón, máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp không phải chịu thuế giá trị gia tăng (GTGT) từ khâu nhập khẩu đến khâu sản xuất, thương mại bán ra… với kỳ vọng có thể giảm chi phí giá thành sản phẩm phân bón, giúp người nông dân tăng lợi nhuận trong quá trình canh tác nông nghiệp.

Song, sau hơn 05 năm triển khai thực hiện, Luật 71 đã nảy sinh khá nhiều bất cập, không những giá bán phân bón trong nước không giảm, mà còn làm hạn chế sản xuất kinh doanh, kìm hãm sự phát triển của các dự án đầu tư sản xuất phân bón.

Theo số liệu thống kê của Hiệp hội phân bón Việt Nam, từ năm 2015 khi thực hiện Luật thuế 71, giá thành phân đạm trong nước tăng 7,2% - 7,6%; phân DAP tăng 7,3% - 7,8%, phân supe lân tăng 6,5% - 6,8%; phân NPK và hữu cơ tăng từ 5,2% - 6,1%... so với những năm trước đó khi còn áp dụng thuế GTGT 5% đối với phân bón. Nghịch lý này xuất hiện hoàn toàn ngược lại so với kỳ vọng ban đầu của Chính phủ là giảm giá bán phân bón, mang lại lợi nhuận cho người nông dân.

Lý do chính là vì thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT nên mặt hàng phân bón không được khấu trừ thuế GTGT của nguyên vật liệu, dịch vụ dùng trong sản xuất. Từ đó, chi phí sản xuất phân bón tăng lên, doanh nghiệp buộc phải tính phần thuế GTGT không được khấu trừ này vào chi phí giá thành sản phẩm, khiến người nông dân vẫn phải mua phân bón nội địa với giá cao. Không ít nông dân đã chuyển qua dùng phân bón nhập khẩu do giá cả cạnh tranh hơn.

Sau khi Luật 71 có hiệu lực, mặc dù các nhà máy sản xuất phân bón trong nước có thể đáp ứng đủ nhu cầu phân urê, phân lân, phân NPK và hướng tới xuất khẩu một số sản phẩm, song từ năm 2015 đến nay, mỗi năm nước ta vẫn nhập khẩu khoảng trên 4 triệu tấn phân bón, chủ yếu từ Trung Quốc, Indonesia, Malaysia, Philippines, Nga, Trung Đông… trị giá khoảng 1,33 tỷ USD.

Có thể thấy, chi phí giá thành phân bón trong nước tăng, dẫn đến bất lợi cho các doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước khi cạnh tranh thị trường với phân bón nhập khẩu. Phân bón nhập khẩu đang hưởng lợi nhiều nhất bởi không phải chịu thuế GTGT, giá bán giảm 5%. Trong khi theo chính sách khuyến khích xuất khẩu của các nước, thuế suất xuất khẩu phân bón là 0%, sản phẩm phân bón được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT cho nguyên vật liệu, dịch vụ sản xuất. Ngoài ra, hầu hết các nước này còn có chi phí nguyên liệu sản xuất phân bón rất thấp.  Do vậy, phân bón nhập khẩu càng có lợi thế cạnh tranh về giá thành và giá bán, dẫn đến nhập khẩu phân bón tăng, còn sản xuất phân bón trong nước lại phải thu hẹp quy mô sản xuất.

Số liệu của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cho thấy, năm 2018, cả nước nhập khẩu hơn 600.000 tấn ure, với kim ngạch gần 70 triệu USD, chủ yếu từ Nga và Trung Quốc. 9 tháng đầu năm 2019, lượng đạm nhập khẩu về tiếp tục tăng 2 con số. Trong khi đó, Đạm Cà Mau và Đạm Phú Mỹ, 2 doanh nghiệp lớn nắm 70% thị phần phân đạm trong nước lại phải đối mặt với thách thức thiếu khí và giá khí tăng cao. Sản phẩm phân bón chất lượng bị thu hẹp càng tạo điều kiện cho hàng giả, hàng lậu kém chất lượng chiếm lĩnh thị trường.

Theo Bộ Công Thương, trung bình mỗi năm lực lượng quản lý thị trường phát hiện và xử lý khoảng 3.000 vụ liên quan đến phân bón lậu, phân bón giả. Hàng lậu có giá thấp hơn hàng chính ngạch từ 1-2 triệu đồng/tấn, khi đến tay người dân thấp hơn thị trường khoảng 500 - 1.000 đồng/kg, nên dễ thu hút bà con nông dân. Mặt khác, do nhận thức của người dân nhiều nơi, đặc biệt là nông dân vùng sâu, vùng xa còn hạn chế, cộng với tâm lý ham rẻ nên dễ mua phải phân bón giả, phân bón nhái, phân bón kém chất lượng.

Cả nước hiện có khoảng 13 triệu ha đất canh tác nông nghiệp và khoảng 7.000 loại phân bón khác nhau đang được lưu thông. Tuy nhiên, việc quản lý phân bón còn nhiều bất cập và kẽ hở để các đối tượng nhập lậu đưa phân bón kém chất lượng tới ruộng đồng của nông dân. Tác động tiêu cực của phân bón giả, phân bón kém chất lượng sẽ gây suy kiệt sức sống của cây trồng dẫn đến giảm năng suất; cây yếu sẽ bị sâu bệnh tấn công nhiều hơn, làm tăng thêm chi phí cho phòng và trị sâu bệnh hại, gây ảnh hưởng đến hiệu quả kinh tế và chất lượng nông sản. Theo tính toán của các chuyên gia, nếu trung bình phân bón giả gây thiệt hại mỗi ha là 200 USD thì mỗi năm ngành nông nghiệp thiệt hại tới 2,6 tỷ USD. Nguy hại hơn, các mặt hàng nông sản Việt Nam đang hướng tới thị trường quốc tế nếu không đảm bảo chất lượng, việc xuất khẩu sẽ bị ảnh hưởng nghiêm trọng.

Theo ông Hoàng Văn Cường - Ủy viên Ủy ban Tài chính ngân sách Quốc hội phân tích, khi sản phẩm phân bón bán ra không được trừ thuế GTGT thì doanh nghiệp không được trừ thuế GTGT đầu vào, vì vậy doanh nghiệp buộc phải cộng thêm toàn bộ giá trị thuế GTGT này vào giá thành sản xuất. Còn các doanh nghiệp nhập khẩu phân bón từ nước ngoài vào thì không phải chịu thuế GTGT đầu vào. Vô hình chung, chính sách này đang tạo ra “hỗ trợ” cho nhập khẩu từ nước ngoài mà không hỗ trợ cho doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước.  Song, nếu đánh thuế VAT với phân bón thì lập tức phân bón ngoại nhập cũng phải chịu thuế VAT. Và ngân sách Nhà nước ngay khi nhập lượng phân bón vào biên giới là đã thu được một khoản từ thuế VAT đó. Thuế VAT làm cho giá phân bón cao lên tuy nhiên cũng làm cho năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp trong nước được nâng theo.

Theo một nghiên cứu của Tổ chức Lương thực và Nông nghiệp Liên Hiệp Quốc (FAO), cùng với các yếu tố về giống, thủy lợi, cơ giới hóa nông nghiệp,…. phân bón đóng góp tới trên 40% cho việc nâng cao năng suất cây trồng. Các doanh nghiệp sản xuất, kinh doanh phân bón trong nước rất cần sự hỗ trợ về cơ chế chính sách mà đúng hơn đó là sự cạnh tranh công bằng giữa sản phẩm phân bón nhập khẩu và sản phẩm phân bón sản xuất trong nước. Bởi lẽ về lâu dài, sự lệ thuộc vào phân bón nhập khẩu không thể đảm bảo phát triển nền nông nghiệp bền vững, gây ảnh hưởng đến mối quan hệ công nghiệp – nông nghiệp – nông dân và nông thôn. Việt Nam cần xây dựng các chủ trương, quy định, giải pháp nhằm tăng cường sản xuất trong nước, giảm bớt nhập khẩu sẽ tiết kiệm được rất nhiều ngoại tệ cho đất nước.

Chính vì vậy, chính sách thuế phân bón rất cần có sự thay đổi để phù hợp với tình hình và đúng với định hướng chiến lược phát triển ngành phân bón của Chính phủ.  Sự thay đổi này còn là yếu tố tạo điều kiện cho doanh nghiệp phát triển các sản phẩm có chất lượng tốt, tính năng đặc thù dựa trên việc sử dụng công nghệ cao, tạo đòn bẩy cho sự tăng trưởng phát triển kinh tế - xã hội của các địa phương nói riêng và của phát triển kinh tế – xã hội của cả nước nói chung.