Với cơ sở vật chất kỹ thuật ban đầu gồm một đoàn tàu cũ có tổng trọng tải gần 20.000 tấn được trưng dụng từ các nơi về trong tình trạng xuống cấp nghiêm trọng, Công ty có nhiệm vụ vận chuyển cho các kho đầu mối, tham gia công tác chuyển tải thực hiện mục tiêu tiếp nhận nhanh gọn, giải phóng tàu nhanh. Đến khi vận hành theo cơ chế thị trường, Công ty đối mặt với một loạt thách thức mới: sự cạnh tranh gay gắt của các công ty vận tải xăng dầu ngoài ngành và lực lượng vận tải xăng dầu tư nhân; bộ máy tổ chức cồng kềnh, các phương tiện vận tải xuống cấp và lạc hậu... Để giải quyết những khó khăn và nâng cao hiệu quả hoạt động, Đảng ủy và Ban lãnh đạo Công ty đã kiện toàn công tác quản lý, tổ chức sắp xếp đội ngũ CBCNV và người lao động; đồng thời chủ động, mạnh dạn tìm những biện pháp, những bước đi thích hợp để thoát dần khỏi cơ chế cũ, từng bước xây dựng mô hình phát triển và cơ chế quản lý mới: tích cực mở rộng thị trường hoạt động, nâng cao chất lượng dịch vụ đội tàu, tìm kiếm nguồn hàng vận chuyển ra bên ngoài trên các tuyến viễn dương. Song song đó, Công ty chú trọng chiến lược thu hút, đào tạo, huấn luyện nghiệp vụ chuyên môn cho đội ngũ cán bộ, sĩ quan - thuyền viên có đủ trình độ, năng lực để quản lý và khai thác các phương tiện hiện đại. Vì vậy khi tiếp nhận các tàu lớn, Công ty không phải thuê chuyên gia nước ngoài. Đồng thời, Công ty đã triển khai và áp dụng thành công Bộ luật Quản lý An toàn quốc tế (ISM), được Đăng kiểm Việt Nam cấp chứng nhận Quản lý an toàn, An ninh quốc tế DOC, SMC, ISPS; được Viện Tiêu chuẩn Anh cấp chứng nhận Hệ thống chất lượng ISO 9001: 2008, ISO 14001: 2004 và OSHAS 18001: 2007.
Bên cạnh phát huy nội lực, Công ty luôn được Tổng công ty Xăng dầu Việt Nam đầu tư mua nhiều tàu hiện đại, trọng tải lớn (tổng trọng tải 106.227 tấn). Quy mô đội tàu phát triển nhanh đã thay đổi định hướng kinh doanh, ngành nghề chủ đạo của Công ty, từ chỗ chỉ vận tải các sản phẩm dầu mỏ và dịch vụ đại lý hàng hải chủ yếu trên các tuyến nội địa sang vận tải xăng dầu vận tải ven biển, vận tải viễn dương và dịch vụ đại lý hàng hải.
Với những giải pháp kịp thời, đúng định hướng, Công ty đã giữ được sự ổn định và tăng trưởng luôn đạt và vượt mức các chỉ tiêu kế hoạch đề ra. Hàng năm, doanh thu đạt được 1.352 - 1.665 tỷ đồng; nộp ngân sách 45 - 83 tỷ đồng; lãi từ 45 đến 50 tỷ đồng; thu nhập bình quân người lao động tăng từ 10 đến 15%.
Suốt 40 năm qua là chặng đường đầy gian nan, khó khăn, thử thách, nhưng Công ty liên tục xây đắp cho thương hiệu VITACO ngày một uy tín, lan tỏa trên thương trường. Với những đóng góp vào sự phát triển đất nước, Công ty được Nhà nước phong tặng danh hiệu Anh hùng lao động thời kỳ đổi mới; Huân chương Lao động hạng Nhất, Nhì, Ba và nhiều danh hiệu cao quý khác của Chính phủ, bộ, ngành.
