Đến hết năm 2014, cả nước có hơn 290 KCN được thành lập, trong đó hơn 200 KCN đã đi vào hoạt động. Trong số các KCN đã đi vào hoạt động, có 158 KCN đã hoàn thành đầu tư xây dựng hệ thống xử lý nước thải tập trung, 24% KCN còn lại chưa xây dựng hoặc có triển khai nhưng chưa hoàn thành và đáp ứng yêu cầu xử lý nước thải KCN. Năm 2014, đã thu được khoảng 47 tỷ đồng phí bảo vệ môi trường đối với nước thải KCN. Một số địa phương được đánh giá đã cơ bản triển khai hiệu quả công tác thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải. Tuy nhiên, hệ thống xử lý nước thải ở các KCN tại nhiều địa phương chưa được quan tâm đầu tư, hiệu quả xử lý còn thấp, gây ô nhiễm nặng nề cho môi trường do chất thải rắn, nước thải và khí thải công nghiệp.

Một sự lo ngại khác nữa là trong khi các ngành nghề sản xuất ở các KCN đang có những sự dịch chuyển thì số lượng chất thải mà các KCN này thải ra cũng thay đổi theo. Rất nhiều chất thải là hóa chất, chất độc hại đã được tạo ra khi ngành nghề sản xuất thay đổi trong khi quy trình xử lý chất thải vẫn giữ nguyên. Khảo sát cho thấy, các lưu vực sông bị ô nhiễm nặng nề nhất như hệ thống sông Đồng Nai, sông Nhuệ, sông Đáy, Sông Cầu đều là các lưu vực gắn với các vùng phát triển các KCN. Theo thống kê sơ bộ, lượng nước thải từ các KCN, khu chế xuất khoảng 1.000.000 m3/ngày, chiếm 35% tổng lượng nước thải trên toàn quốc. Các chỉ tiêu về hệ thống xử lý nước thải tập trung tại các KCN, việc thu gom xử lý chất thải rắn công nghiệp, sinh hoạt y tế… nhiều địa phương vẫn chưa đạt yêu cầu.

Nguyên nhân của tình trạng này, phần lớn do địa điểm bố trí, quy mô và loại hình sản xuất của nhiều khu, cụm công nghiệp chưa hợp lý. Quy hoạch phát triển các KCN còn manh mún, chưa có sự điều phối chung, thậm chí còn xảy ra tình trạng cạnh tranh giữa các địa phương làm cho các KCN phát triển thiếu đồng bộ. Theo ông Nguyễn Việt Anh - Phó Viện trưởng Viện Khoa học và Kỹ thuật Môi trường, Đại học Xây dựng: Nguyên nhân các khu, cụm công nghiệp thiếu nhà máy xử lý nước thải chủ yếu là do nhà đầu tư chưa thực sự quan tâm và do cơ chế, chính sách, chế tài, năng lực và các nguồn lực cần thiết của hệ thống các cơ quan quản lý cũng như lực lượng giám sát thi hành luật pháp về bảo vệ môi trường chưa đủ mạnh; phương tiện và thiết bị phục vụ quan trắc ô nhiễm nước thải công nghiệp vừa thiếu vừa lạc hậu, hệ thống văn bản pháp lý về quản lý ô nhiễm nước thải công nghiệp còn chồng chéo nhiều kẽ hở. Vấn đề nữa là trong quá trình thiết kế, thi công trạm xử lý nước thải ở các KCN chưa đáp ứng yêu cầu, nhiều nơi xây dựng cho có, dẫn đến tình trạng trạm xử lý nước thải hoạt động kém hiệu quả xảy ra khá phổ biến.

Để giải quyết được vấn đề ô nhiễm từ nguồn nước thải tại các KCN, Thứ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường Bùi Cách Tuyến cho rằng: Giải pháp quan trọng bây giờ là phải cải thiện công nghệ sản xuất và xử lý nước thải ở các khu, cụm công nghiệp theo hướng tiên tiến, phù hợp với điều kiện địa phương; các khu, cụm công nghiệp cũng phải lắp đặt hệ thống quan trắc tự động nước thải để theo dõi thường xuyên, cũng như xử lý kịp thời khi có sự cố xảy ra. Chính quyền địa phương và các cơ quan liên quan cần có chính sách tăng cường, khẩn trương triển khai hiệu quả việc xây dựng hệ thống xử lý nước thải tập trung đối với các KCN đang hoạt động. Các công ty đầu tư kinh doanh hạ tầng KCN, khu chế xuất và các doanh nghiệp chấp hành nghiêm pháp luật về bảo vệ môi trường trong KCN; phải có hệ thống xử lý nước thải tập trung đạt tiêu chuẩn môi trường ngay khi bắt đầu hoạt động. Đối với các KCN đang hoạt động mà chưa xây dựng hệ thống xử lý nước thải tập trung phải khẩn trương xây dựng kế hoạch chi tiết, huy động nguồn vốn thích hợp để triển khai đầu tư. Các chủ đầu tư quản lý hạ tầng kỹ thuật KCN xem xét cấp phép, tiếp nhận các dự án có công nghệ sản xuất hiện đại, ít gây ô nhiễm, công nghệ sản xuất sạch, công nghệ thân thiện môi trường; thỏa thuận với các nhà thầu về chất lượng nước đầu vào trạm xử lý, các biện pháp kiểm tra, xử lý sự cố.