Nhằm nâng cao hiệu quả công tác quản lý nhà nước đối với CCN trong phạm vi cả nước, ngày 19/8/2009, Thủ tướng Chính phủ đã có Quyết định số 105/QĐ-TTg ban hành Quy chế quản lý CCN. Đây là văn bản có ý nghĩa quan trọng trong việc hình thành khung pháp lý thống nhất từ trung ương đến địa phương đối với công tác qui hoạch; đầu tư xây dựng, kinh doanh kết cấu hạ tầng CCN; đầu tư sản xuất kinh doanh và dịch vụ trong CCN và quản lý Nhà nước đối với CCN.
Để triển khai tốt việc thực hiện Quy chế, Bộ Công Thương đã có văn bản hướng dẫn cụ thể từng đơn vị tại Công văn số 10009/BCT-CNĐP ngày 8/10/2009 như: Đối với UBND cấp tỉnh có trách nhiệm chỉ đạo các sở, ban, ngành, UBND cấp huyện nhanh chóng triển khai thực hiện các nhiệm vụ được giao tại Điều 19 của Qui chế; kiện toàn bộ máy tham mưu giúp UBND các cấp quản lý nhà nước đối với CCN; Chỉ đạo rà soát, sửa đổi bổ sung hoặc xây dựng mới để ban hành qui hoạch phát triển CCN trên địa bàn phù hợp với qui định của Qui chế. Đối với Sở Công Thương các địa phương khẩn trương triển khai các nhiệm vụ được giao tại Khoản 2 Điều 19 của Qui chế. Đồng thời hướng dẫn và tạo điều kiện cho các doanh nghiệp thuộc mọi thành phần kinh tế tham gia đầu tư kinh doanh hạ tầng CCN, nhằm nâng cao hiệu quả kinh tế - xã hội trên địa bàn.
Cục Công nghiệp Địa phương là cơ quan đầu mối giúp Bộ Công Thương thực hiện chức năng quản lý nhà nước đối với CCN được qui định tại Khoản 1 Điều 18 của Qui chế, chịu trách nhiệm: Chủ trì, phối hợp với các cơ quan, đơn vị có liên quan xây dựng và trình cơ quan có thẩm quyền ban hành các văn bản hướng dẫn thực hiện Qui chế; Qui hoạch tổng thể phát triển CCN cả nước theo vùng, lãnh thổ đến năm 2020, tầm nhìn đến 2025; cơ chế, chính sách hỗ trợ, ưu đãi khuyến khích phát triển CCN và tổ chức tập huấn, hướng dẫn cho các Sở Công Thương, các cơ quan, đơn vị có liên quan sau khi các văn bản được ban hành.
Trong văn bản hướng dẫn thực hiện, Bộ Công Thương yêu cầu Cục Công nghiệp Địa phương chủ trì, phối hợp với bộ, ngành hữu quan và các địa phương hướng dẫn xử lý đối với CCN đã được hình thành trước khi Qui chế này có hiệu lực, nhưng không phù hợp với các qui định của Qui chế (vượt quá 75ha).
Đối với các cơ sở sản xuất - kinh doanh hiện đang nằm xen kẽ trong khu dân cư, gây ô nhiễm mà thuộc các tập đoàn, tổng công ty 90, 91, các công ty, đơn vị trực thuộc Bộ Công Thương, phải nghiên cứu, xây dựng phương án tham gia đầu tư kinh doanh hạ tầng CCN, cũng như phương án di dời các cơ sở sản xuất này.
