Nhiệm vụ của Ban Chỉ đạo là nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ về những chủ trương, cơ chế, chính sách, giải pháp trong công tác bảo đảm an toàn thực phẩm; giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, phối hợp hoạt động giữa các bộ, ngành,các địa phương và các cơ quan, tổ chức có liên quan trong việc xử lý những vấn đề liên ngành về bảo đảm an toàn thực phẩm; kịp thời đề xuất, kiến nghị Thủ tướng Chính phủ biện pháp xử lý trong trường hợp công tác bảo đảm an toàn thực phẩm có những diễn biến phức tạp, ảnh hưởng đến sức khỏe nhân dân trên diện rộng; cho ý kiến về các định hướng, báo cáo của Chính phủ liên quan đến lĩnh vực an toàn thực phẩm; giúp Thủ tướng Chính phủ đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện công tác bảo đảm an toàn thực phẩm của các bộ, ngành, Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương và thực hiện các nhiệm vụ khác do Thủ tướng Chính phủ giao.
Ban Chỉ đạo có quyền lập Tổ Công tác giúp việc Ban Chỉ đạo thực hiện chương trình, kế hoạch về công tác an toàn thực phẩm; mời lãnh đạo các bộ, ngành, chính quyền địa phương và đại diện cơ quan, tổ chức khác liên quan tham dự các cuộc họp, các buổi làm việc của Ban Chỉ đạo; yêu cầu các bộ, ngành, chính quyền địa phương và cơ quan nhà nước, các tổ chức, cá nhân cung cấp thông tin, tài liệu phục vụ cho việc thực hiện các nhiệm vụ của Ban Chỉ đạo.
